Tento poměrně jednoduchý proces zvládá lépe nerovnoměrné a nárazové zatížení. Účinnost septiku dosahuje do 50 % díky kombinaci sedimentace a anaerobního čištění, takto nízká účinnost je však pro vypouštění odpadních vod zdaleka nedostatečná. Vhodným řešením pro rodinné domy i obce je využít systému kořenové čistírny. Zde dochází k předčištění odpadní vody v septiku a jejímu následnému použití v kořenovém poli (tzv. vegetační čistírně). Kořenová čistírna je navrhována jako obdoba přirozeného mokřadu, kde se využívá kombinace anaerobního a aerobního prostředí pro čištění odpadních vod v kombinaci s filtrací. Správný návrh kořenové čistírny je vhodné nechat odborníkovi, obecně se při návrhu čistírny vychází z hodnoty 4-5 m2/EO. Oproti pískovému filtru má kořenová čistírna mnohem delší životnost filtrační náplně, zatímco pískový filtr má obecně životnost v řádech let, pak u kořenového filtru je možné uvažovat o životnosti v řádu desítek let. To je dáno především tím, že jako filtrační náplň je používaná štěrková frakce 8/16 mm, oproti tomu v případě pískového filtru jde o pískovou frakci 0-4 mm, která je daleko náchylnější na zanesení. Další výhodou vzhledem k životnosti je fakt, že v případě kořenového filtru, který je protékaný většinou horizontálně, je možné v případě zanesení (kolmatace) nátokové zóny vyměnit jen část filtru a zbytek kořenové čistírny funguje bez výměny dál. V případě výstavby kořenové čistírny odpadních vod je nutné zajistit projekt zpracovaný oprávněnou osobou, který bude prokazovat splnění požadavků na vypouštění přečištění odpadních vod dle nařízení vlády 61/2003 Sb. Pokud zvolený způsob čištění odpadních vod umožňuje dosažení požadovaných emisních limitů, nemá vodoprávní úřad důvod toto řešení v rozhodnutí o povolení vypouštění odpadních vod zpochybňovat. Kořenové čistírny byly v metodickém pokynu odboru ochrany vod MŽP k tomuto nařízení vlády, vydaném dne 15. 12. 2012, zařazeny mezi nejlepší dostupné technologie pro čištění odpadních vod.