Město Nepomuk vzniklo spojením dvou osad, Pomuk a Přesanice. Hned poté se stal hospodářským správním střediskem držav nedalekého cisterciáckého kláštera. Roku 1234 se stává trhovou vsí se sídlem hrdelního soudu a doluje se zde zlato a stříbro. Roku 1413 Nepomuk povyšuje Václav IV. na městečko. Vypálením nedalekého kláštera roku 1420 se Nepomuk stal majetkem zelenohorské vrchnosti.
Nepomuk byl na město povýšen roku 1730 císařem Karlem VI. při svatořečení Jana Nepomuckého, ale výsady srovnatelné s obyvateli královských měst získali obyvatelé města Nepomuk již o 23 let dříve. Okresním městem byl Nepomuk v letech 1850 – 1949. Nepomuk se začal stavět na křižovatce obchodních cest, které jsou ještě dnes patrné na nepravidelném půdorysu Nepomuka.